Dai dati statistici raccolti per il periodo 2000-2002 risulta che nel settore della protezione degli animali la situazione è progressivamente migliorata. La percentuale di tenute che danno adito a contestazioni è ancora elevata (76%), ma nella maggior parte dei casi le inadempienze si limitano a singoli aspetti della tenuta. Normalmente si rileva una buona collaborazione dei proprietari degli animali nella messa in atto delle misure richieste.
In una quindicina di aziende le infrazioni rilevate sono state numerose. Si tratta di tenute problematiche, nei confronti delle quali sono state intimate le necessarie misure di adeguamento e avviate delle procedure amministrative.
Nel 1999, la Confederazione ha istituito una Banca dati sul traffico degli animali (BDTA) con sede a Berna ed ha emanato nuove disposizioni volte a garantire la rintracciabilità degli animali. La possibilità di determinare in ogni momento gli spostamenti degli animali tra aziende diverse è di fondamentale importanza in caso di apparizione di malattie contagiose, ma risponde pure ad una crescente esigenza del consumatore di conoscere la provenienza dei prodotti acquistati. Dai dati rilevati emerge una percentuale elevata di aziende con singole inadempienze. È comunque rilevabile una progressiva tendenza al miglioramento.
La tenuta di animali per la produzione di latte è retta da particolari disposizioni concernenti la salute degli animali e la sanità mammillare. Ogni detentore è tenuto a rispettare precise norme di autocontrollo. Dai controlli veterinari effettuati risulta che l'80% delle aziende sono conformi.
Al raggiungimento di questa favorevole situazione hanno certamente contribuito le regolari ispezioni eseguite in questo settore dal Servizio di controllo e consulenza per l'economia lattiera (SICL).
Nel 2001 è stato introdotto l'obbligo, per ogni detentore di animali da reddito, di registrare ogni trattamento con antibiotici. L'impiego di antibiotici è permesso unicamente a scopo terapeutico e su prescrizione veterinaria. Lacune nella registrazione di dati sono state rilevate nell'80% delle aziende. Nella maggior parte dei casi il detentore omette di registrare oppure iscrive in modo incompleto singole informazioni, come il nome del veterinario che ha prescritto il trattamento, la designazione del farmaco o i numeri di riconoscimento degli animali trattati. Tuttavia non sono stati rilevati casi di abuso di medicamenti o infrazioni gravi alle disposizioni sul controllo dei medicamenti.